在净化工程中经常遇到施工难点，四周的交叉感染、积灰，吊顶、墙面、地面的装饰材料的耐磨性、不起尘、易清洗、耐腐蚀。在拐弯的地方要是圆角，防止尖锐磕碰。裸露的木质和石膏类的材料容易开裂、变形，所以不能使用这方面的材料。

为了减少净化工程中空气方面的渗透和污染，进出洁净室的门可以安装自动推拉式，减少外界和室内的气流互相干扰，门下地面防止凹槽积尘，洁净室门的自动延时关闭安装、正常工作。气流还有正压和负压，要达到这个标准，需要气密性良好，所以洁净室内所有细缝连接要严丝合缝，避免凹凸不平。

气密性上的因素有插座、物料柜、灯具等一般都要暗装，然后在接缝处进行密封。净化工程对中央空调的要求较为严格，在洁净室内普通的风机盘管需要特制，避免发霉和滋生细菌，对于湿度的控制尤为重要。通风管道应该坚持短、直、顺原则，减少中间繁杂设备，采用气流良好的管件和静压箱，管道系统不应该使用软性管道。

在送风口一定区域内洁净气流形成主流区域，才双侧下部回风，不能使用四角或四侧回风。室内回风，不设余压阀向走廊回风。软接头材料应该双层，防止表面长霉。回风口安装碳纤维滤层以吸收回风中的异味，回风口百叶片选择竖向可调叶片，减少横向叶片上的积尘。循环空气的金属外表要有保护层，防止金属物件被腐蚀。

对于给水有冷热供选择，水量、水压和水质有保障，对于水质要求较高的净化室，还要安装相关灭菌设备。给水管道要单独设立，不能和其他器具混合使用。设置地漏时需增加密封盖。水中污物量较大的时候，防止排水管道堵塞，增加排水管道口径，可减少日常维修量。

在净化工程公司会遇到净化难题时要统一指挥施工，保质保量，有综合性能全面评定。对于整体验收主要考察施工质量、质量设计不能互相代替，在竣工验收之后才能进行评定。